在长期研究姓氏源流的过程中，林伟功对海峡两岸姓氏的传播和繁衍了如指掌。同时，作为专家，他对一些台湾同胞的爱国情怀表示由衷的敬意。他尤其对名门望族的连氏家族、现任中国国民党荣誉主席连战先生祖父连横先生的爱国情怀给予高度赞赏。

    “甲午战争后，日本帝国主义占领了台湾，所有的台湾民众都被强制加入日本籍，而连横先生却于1914年1月31日向国民政府提出申请恢复中国籍，至今呈件仍存在南京国家第二历史档案馆。”林伟功告诉记者，2006年连战先生要回闽寻根谒祖前他北上京城查找到了连横先生在大陆参与创办的几种报纸，有《福建日日新闻》、《吉林新报》、《边声》及《鹭江报》等报纸，由于年代久远，只有部分《鹭江报》存世，其中1902年连横先生在厦门任主笔期间出版的第18、19期颇值珍贵，连横先生撰写的爱国篇章令他赞叹不已。　

    他说，在他收集的资料中显示，1931年，连横先生曾写信给当时的国民党元老张继，要求把从日本庆应大学毕业后回台湾做事的儿子连震东召回大陆，表示决不让他替日本人卖命。1933年，连横先生偕眷从台湾回到上海定居，准备终老祖国大陆。他在临终前训子道：“今寇焰迫人，中日终必一战，光复台湾即其时也，汝其勉之！”并交代儿子连震东，有了身孕的儿媳若生男，即名“战”。果真两个月后，儿子出生，连震东遵父交代，将儿子取名“连战”。为此，他在对台湾的姓氏族谱中，对连氏家谱进行了专门的研究和论证，并参与了《连横研究文选》一书的编审工作，书中共收集了海峡两岸专家学者的20多篇论文，长达20多万字。他认为，这对海峡两岸姓氏的研究意义重大。

    这些年来，林伟功在对海峡两岸各姓氏源流的研究上取得了累累硕果。1999年，福建省姓氏源流研究会与厦大历史系在福州联合举办了“海峡两岸林森学术研讨会”，并出版了首部学术丛书《海峡两岸林森研讨集》，在海内外产生较大影响。