福建省姓氏源研究会在开展姓氏研究时，不仅涉及海峡两岸，而且涉及琉球古国（现日本冲绳）。1986年，林伟功作为全国首位官方授命为海外寻根的学者，成为日本“闽人36姓”祖籍的总查证人，承担了多项姓氏、武术（刚柔流这俾道）、文化（狮子、麻醉术、空海入闽、圆珍入闽……）溯源探流工作。通过大量的调查和论证，解决了日本冲绳多项姓氏、武术、文化寻根的问题，揭开了琉球古国与中国、与福建历经六百多年割舍不断的渊源关系。

   从林伟功的调查示，琉球古国与中国的正式建交始于明洪武五年（1372年），曾经是中国的藩属国，它与中国的贸易交流持续了大约500多年，历史上的王城首里明显的显示出了中华文明对它的影响。直到清光绪五年（1879年）日本强行占领琉球古国，“撤藩置县”，琉球国民惨遭日本的大肆杀戮，并将琉球古国变成日本的一个县，称为冲绳县。琉球古国最强盛的时候就是和中国关系密切的时期，琉球古国以前跟中国的交往都是通过福建进行的，福建历史上曾经有许多人才被派遣到琉球支援当地的建设，其中就有许多福州人及闽南人，他们的后裔被称为琉球古国闽人后裔或冲绳闽人后裔。

   林伟功说，明清时期，福州还设有“柔远驿”，这个机构兼具酒店和领事馆两种功能，专门接待琉球国朝贡使及随员，因此这个机构又称为琉球馆。在福州至今还留存有琉球馆、琉球朝贡使墓地等古迹

   “历史上，中国与琉球古国交往频繁，而福建是明清时期两地往来的惟一口岸。”林伟功指出，当时古琉球国为了加强和中国朝廷的联系，经常派使团朝贡，他们带来的大多是一些当地的特产，而中国的皇帝则薄来厚往回之以布匹、金银珠宝等。每逢琉球有改朝换代等大事，中国朝廷就要派出册封使到琉球册封（达20多次，其中福建籍的有正使潘荣、齐鲲、林鸿年、赵新，副使谢杰、林麟焻等6位。）据说当年册封使，包括工匠、乐师等有专业技术特长的人，因此特别受到琉球的欢迎，接待册封使的礼仪也相当隆重。

   据载，明朝皇帝朱元璋于洪武二十五年（1392年）下诏为船只失事、随员尽殁的琉球进贡使提供船只，并派召募36人驾船送其回国，史载“赐舟工三十六员”，这些人从福州选派，中不乏造船、航海、建筑、医学等专长的人才，抵琉球后，国王极为珍视，特划地唐营安置重用，繁衍成为贵族，为琉球发展当地的经济建设作出杰出贡献。这个群体被称为“闽人36姓”其中有许多福州、闽南人。据了解，现在，闽人36姓后裔还有22姓留存于冲绳（琉球），人口大约有4万。林伟功说，通过琉球闽人36姓寻根活动，以铁的事实证明了日本侵略琉球的罪恶行径，揭开了一段鲜为人知的历史之谜。他于1999年还应日方邀请，为其“福建—冲绳友好交流历史展览馆”编纂设计展览指南，较全面地介绍了两地的历史关系。

   文化、学术之路无止境，“架桥铺路”同样是功德无量的事。已退休8年的林伟功去年除执行主编在高雄举办的海峡百姓论坛的论文集及作学术报告外，还应中央社会主义学院专邀，为台湾学员作了“中国族谱与海外寻根”的学术讲座，同时被北京大学和谐之道国学团队聘为教授，在北京大学、重庆大学、重庆工商大学等国学论坛作《中国宗族文化是国学之基石》的专题报告，开了姓氏文化与国学渊源关系探索的先河。2011年，他编著的〈日藏甲午战争秘录〉获得了“中国东北地区中日关系史30年成果优秀奖”。近年，他还当选为中国和平统一促进会（台湾）名誉顾问等职,他表示，要在为两岸联谊交流的路上继续架桥铺路前行。