宋时，对林默已有疠疫、航渡等的专祭。廖鹏飞的《圣墩祖庙重建顺济庙记》说：“岁水旱则祷之，疠疫尝降则祷之，海寇盘亘则祷之，其应如响。故商舶尤借以指南，得吉卜而济，虽怒涛汹涌舟亦无恙”。航渡祈卜即“求杯王交、祈阴护，乃敢行”。

绍兴二十一年(1151年)，莆田人、平海军节度判官黄公度游圣墩，《题顺济庙》有句：“万户牲醪无水旱，四时歌舞走儿童”。说得是14岁以下的童男玉女，手持小棒载歌载舞，参加祷丰年;意寓在祖姑林默的看护下快快成长。小棒即妈祖棒，船中例设妈祖棒，连击船舷，大鱼水怪就会遁去。这个祭俗的本义在清初仍保留着：湄洲岛上，林默神亲其宗人之子。林氏宗族的妇人将赴田者，就以其儿置林默庙中，曰：

“姑好看儿”。去终日，儿不啼、不饥、不出阁。暮时，妇归庙各携儿子返家。

开禧元年(1205年)冬，“金寇淮甸，(兴化)郡遣戍兵，载(林默)神香火以行”，三战皆捷。这是船舶出航时载有林默神像的最早史载。此后成为航例。

宋时，对林默的航渡等专祭，有的是祈祭，有的是报、祈合祭。

元世祖肯定林默“保护海道、舟师漕运”。每年春、夏起运时，由皇帝函香降祭而官员盛服将事;其中兴化路地方官也到湄洲祖庙“俾宣德泽”。天历二年(1329年)，诏命翰林院直学士布尼雅实理、艺文太监宋本奉谕祭文到漕运沿途15个林默庙报祭。其中九月十九到白湖庙、二十到湄洲祖庙;始创朝廷每年遗使　焚香祭祀15庙、秋祭与漕运报祭合二为一的典例。

明永乐元年(1403年)，郑和等人航海测绘海图，途中得林默保佑而赴湄洲祖庙行报祭。此后郑和等人七下西洋，多次到湄洲祖庙行祈报两祭，并奉林默神像在船保护。洪熙元年(1425年)起，朝廷使琉球的官船“舟后作黄屋二层，上安诏，中供天妃”⑦　;行夏祈、冬报两祭。嘉靖十四年(1535年)七月二十五日谕：赐予航渡的报祭，但不为常例。万历七年(1579年)起增祈祭，永着为例;并颁发《谕祭祈海神文》、《谕祭报海神文》。从此，航渡的祈、报两祭成为官例。明时，航渡的祈祭视航向也与春祭合二为一。如范端昂《粤中见闻》卷五·天妃庙载：“每年三月二十三日，天妃渡海南，必有北风，渡海者皆候之。”

明末清初，航祭演戏酬谢的祀俗已传入台湾。荷兰人论纳德·鲍乐史《荷兰东印度公司时期中国对巴达维亚的贸易》一文，对中国帆船离开厦门的情景作了生动描述：海员们从船上的神龛取出妈祖塑像，列队携至寺庙并献上祭品，以祈求航行平安;这种仪式常伴随戏剧性的演出，而海员随后分享祭品，又携塑像回船而开航。郑成功驱荷复台后，此俗一直留传下来。康熙时，郁永河《裨海纪游》有载：

肩披黑真发耳垂王当，粉面朱唇似女郎。

马祖宫前锣鼓闹，伴离唱出下南腔。

郁注：土人称天妃曰马祖，称庙曰宫。天妃庙近赤嵌城，海舶多于此演戏守愿。闽以泉漳二郡为下南。

清康熙时用兵台海，文官武将屡次到祖庙、行宫奉旨祭林默，或自行祈报两祭。此俗也传台。道光时，台湾知府邓传安劝修鹿港王功口的天后宫，“以为商民祈报之所”。

此外，祖姑林默保佑儿童的祭俗也传入台湾，并有所变化。大甲人让孩童给林默做“义子”，由林默保佑孩子长大成人。年满16岁后需答谢神恩。有些人以徒步随香的方式来还愿，有些人在退伍返乡后进香还愿。(蔡国耀)