妈祖祖庙祭大典在每年妈祖诞生之日(农历三月二十三日)和羽化升天日(农历九月初九)，湄洲祖庙广场或新殿天后广场举行,全程约45分钟，规模分大、中、小三种。

仪程：

1、擂鼓鸣炮;

2、仪仗、仪卫队就位，乐生、舞生就位;

3、主祭人、陪祭人就位;

4、迎神上香;

5、奠帛;

6、诵读祝文;

7、跪拜叩首;

8、行初献之礼、奏《和平之乐》;

9、行亚献之礼、奏《海平之乐》;

10、行终献之礼、奏《咸平之乐》;

11、焚祝文、焚帛;

12、三跪九叩;

13、送神、礼成。

湄洲妈祖祖庙祭典自成一体，历史悠久影响深远，已列入首批国家级非物质文化遗产名录加以保护。